Di masa pendudukan Iran, pada tahun 1942, dan akibat tekanan Blok Sekutu, pada Perang Dunia II, terutama terhadap Iran, Dubes negara ini ditarik dari Tokyo, dan hubungan Iran-Jepang putus. Pemerintah Kerajaan Inggris, memastikan bahwa aktivitas Kedubes Jepang, di Tehran, tidak akan mengancam kepentingan-kepentingannya. Iran, dengan bersandar pada Perjanjian Persahabatan, Hubungan Ekonomi, dan Hak Kekonsuleran, menekankan berlanjutnya hubungan, tapi Inggris, menganggap berlanjutnya kehadiran Jepang, di Tehran, mengancam ketertiban dan keamanan kawasan, serta Blok Sekutu. Setelah kalah dalam PD II, sebagaimana juga negara-negara lain yang berperang melawan negara ini, Jepang, ikut menandatangani Perjanjian San Francisco, pada 8 September 1951. Pada akhirnya, Kedutaan Besar Iran, dan Jepang di Tehran dan Tokyo, setelah sembilan bulan dibekukan, kembali lagi beroperasi pada 2 November 1951. Pada peristiwa nasionalisasi minyak Iran, ketika Inggris dan Amerika Serikat, menyanksi para pembeli minyak Iran, Jepang, adalah satu-satunya negara yang mengirim kapal ke Iran, untuk mengangkut minyak yang dibelinya. Momen baik ini sampai sekarang masih diingat oleh orang-orang Iran, dan hubungan politik Iran dan Jepang, mulai saat itu terus mengalami perluasan.
342/